Stomatologická klinika je členěna do 10 oddělení, která pokrývají téměř úplně celé spektrum nabízené současnou stomatologií.
- Centrum dentální implantologie
- Protetické oddělení
- Oddělení dentoalveolární chirurgie
- Oddělení ústní, čelistní a obličejová chirurgie
- Oddělení záchovné stomatologie a endodoncie
- Parodontologické oddělení
- Oddělení orální medicíny
- Oddělení pedostomatologie
- Ortodoncie
- Oddělení ústní hygieny