Parodontologické oddělení provádí diagnostiku a terapii onemocnění závěsného zubního aparátu neboli parodontu. Oddělení úzce spolupracuje s Oddělením orální medicíny v řadě styčných medicínských problémů.
V rámci pregraduální výuky jsou pacienti ošetřováni studenty. Ti pracují pod dohledem lékaře, který garantuje požadovanou kvalitu ošetření.
Parodontologické oddělení má úzké vazby na Implantologické centrum, Oddělení záchovné stomatologie a Protetické oddělení. Neobejde se bez spolupráce s Fingerlandovým ústavem patologie, Ústavem klinické imunologie a alergologie, Ústavem klinické biochemie a diagnostiky a dalšími pracovišti Lékařské fakulty a Fakultní nemocnice. Výzkumně je zaměřeno na problematiku tzv. regenerativních metod při ošetření pokročilé parodontitidy, léky podmíněné zbytnění dásní a ošetřování tzv. periimplantitid.