Lightcycler RT-PCR












            ******************************************************************************************

            *
            ******************************************************************************************
                                                                            
            Dodavatel              ROCHE s.r.o.                             
            Rok pořízení           2018                                     
            Cena                   0,6 mil. Kč vč. DPH                      
                                                                            
            Financování            OP VVV CORE FACILITIES [ URL "LFHK-192.html "]
                                   CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_017/0002515        
            Zodpovědná osoba       prof. PharmDr. Emil Rudolf, Ph.D.        


            DNA je nositelem genetické informace a určuje vývoj celého organismu. Objev její struktury
            znamenal velký průlom a následně došlo i k velkému rozvoji molekulárně-biologické analýzy.

            je jednou z nejdůležitějších součástí diagnostiky a je široce využívaná nejen v základním 
            genetickém výzkumu, ale i v oborech, jako je archeologie, zoologie, botanika, klinická dia
            kriminalistika. Z medicínského hlediska molekulárně-biologickou analýzu využívají zejména 

            farmakogenetika/genomika, nutrigenomika, prenatální a preimplantační diagnostika, mikrobio
            klinické obory, jejichž součástí je obecně analýza nukleových kyselin.


            Na naší katedře používáme jako experimentální model buněčné kultury, které jsou dnes již n
            nástrojem používaným ve výzkumu. Mimo jiné slouží například pro studium protinádorové léčb
            terapie. V posledních dvou dekádách se jejich použití při studiu nádorové biologie ukázalo

            neocenitelné, z důvodu lepšího porozumění vývoje nádoru, progrese metastáz a interakcí s n
            stromatem. Použití buněčných linií se stalo nedílnou součástí studia molekulárně-biologick
            charakterizace genetických a epigenetických procesů a také studia prognostických a predikt

            pro možnou individualizaci terapie.



            Lightcycler 96 je přístroj umožňující kvantitativní stanovení množství DNA a detekci genov
            absolutní, nebo relativní kvantifikace genu v reálném čase na základě měření fluorescence.
            gradientový real-time PCR přístroj, který využívá technologii Peltierových článků umožňují

            teplot vyžadované pro tuto techniku. Dále může být prováděna vysokorozlišovací analýza (HR
            detekci mutací vzorků pomocí křivek teplot tání se specificky navrženými sondami pokrývají
            mutace. Touto analýzou je umožněna detekce rozdílů mezi dvěma testovanými DNA sekvencemi a

            rozdílu jednotlivých nukleotidů např. pro detekci jednonukleotidových polymorfismů (SNP) n
            mutací.


            Přístroj je vybavený 96-jamkovým blokem, ve kterém mohou být vzorky analyzovány v samostat
            8-zkumavkových stripech nebo 96-jamkových destičkách, což umožňuje otestovat až 96 vzorků 
            jedné analýzy. Díky tomu dochází jak ke zrychlení přípravy vzorků, tak samostatné analýzy 

            efektivity zpracování.

            V naší laboratoři jsme dosud využívali PCR cyklér, který měl zabudovanou kameru, kolem kte

            jednotlivé vzorky posouvány a tím docházelo ke snímání fluorescence. V přístroji Lightcycl
            fluorescence všech vzorků snímána současně pomocí CCD kamery, která je namířena na každou 
            čímž nedochází k pohybu kamery ani vzorků. Tím je zajištěna kompaktnost všech měření a nár

            je tak měřen vždy za stejných podmínek.

            Pro měření fluorescence během analýzy je jako zdroj excitace použita LED dioda a na přístr

            využít a kombinovat 4 různé excitační a 4 emisní (detekční) filtry, což umožňuje zároveň a
            fluorofory během jedné reakce. Lightcycler96 disponuje těmito excitačními/emisními možnost
            nm/emise 514 nm (mj. pro detekci fluoroforů: SYBR, FAM, ResoLight dye); excitace 533 nm /e

            pro detekci fluoroforů: VIC, Hex, Yellow555); excitace 577 nm/emise 620 nm (mj. pro detekc
            Red610, Texas Red), excitace 645 nm/emise 697 nm (mj. pro detekci fluoroforů:Cy5).


            Díky nákupu přístroje Lightcycler96 jsme doplnili přístrojové vybavení molekulárně-biologi
            což nám pomůže získávat informace o buněčných procesech na úrovni DNA a také umožní komple
            posouzení všech fyziologických a patologických procesů, což by mohlo v budoucnu zefektivni

            strategie některých závažných onemocnění. Tento přístroj je využíván studenty Lékařské a F
            fakulty Univerzity Karlovy v rámci jejich postgraduálního studia a umožňuje jim efektivněj
            biologických vzorků. Získané výsledky studenti použijí pro publikační aktivitu, reprezenta

            tuzemských a mezinárodních konferencích a v neposlední řadě i k úspěšnému dokončení jejich
            Autor textu: RNDr. Veronika Skarková, Ph.D.